Il existe plus de 60 sérogroupes du vibrion cholérique. A ce jour, seuls deux d'entre eux sont responsables d'épidémies de choléra.

- Le Vibrio cholerae O: 1, seul responsable jusqu'en 1992;

- Le Vibrio cholerae O: 139 («non O: 1») qui a été identifié pour la première fois en octobre 1992 en Inde et isolé depuis dans 7 pays d'Asie (Bangladesh, Chine, Inde, Malaisie, Népal, Pakistan et Sri Lanka).

On distingue 2 biotypes du Vibrio cholerae O: 1:

- le biotype classique,
- le biotype El Tor.

Chaque biotype se présente sous forme d'un sérotype. Il en existe trois communs aux deux souches: Ogawa, Inaba et Hikojuna. Ces sérotypes, Ogawa et Inaba notamment, peuvent coexister au sein d'une même épidémie.

En fait, le biotype et le sérotype n'ont qu'une importance secondaire du point de vue de la prise en charge de l'épidémie: le mode de transmission est identique et l'entérotoxine responsable de la symptomatologie est semblable dans tous les types, conduisant à un tableau clinique univoque.