La confirmation bactériologique est indispensable en début d'épidémie. Elle permet d'identifier le sérogroupe, le biotype et le sérotype, et de faire un antibiogramme afin de déterminer la sensibilité aux antibiotiques. La confirmation sur une dizaine d'échantillons de selles suffit.

Il est conseillé d'effectuer les prélèvements avant de commencer une antibiothérapie. Différentes méthodes de prélèvement sont utilisées, dont la méthode de prélèvement sur papier filtre (Annexe 1).

Une fois l'épidémie confirmée, on se contente de la définition clinique.

En fin d'épidémie, lorsque l'on n'observe plus que quelques cas sporadiques, il est intéressant de refaire quelques prélèvements pour savoir s'il s'agit bien encore de cas de choléra. La négativité de ces examens permettra de confirmer la fin de l'épisode épidémique.

Dans le cas où un antibiotique est utilisé, il est utile, pour le suivi thérapeutique, de répéter les prélèvements régulièrement (toutes les semaines ou tous les quinze jours) afin de contrôler l'antibiogramme car des résistances peuvent apparaître rapidement.