L'énergie nécessaire aux traitements thermiques ou au contrôle climatique provient le plus souvent de ressources conventionnelles comme le bois, le charbon, le gaz ou l'essence. La température de chauffe doit être adaptée au type d'énergie utilisée, de façon à réaliser une combustion complète. Une combustion partielle produit plus de fumée et de monoxyde de carbone, est plus polluante tout en étant moins efficace.

Les conséquences de l'utilisation de sources conventionnelles sont bien connues: le charbon produit du SO₂, les besoins en bois de chauffe recuisent rapidement les forets et contribuent à l'augmentation globale de la concentration en CO₂. Si l'on envisage un projet a grande échelle, il faudrait considérer des sources d'énergie alternatives (renouvelables).

En particulier dans les pays tropicaux, il devrait être possible d'utiliser l'énergie solaire pour chauffer l'eau. Ceci ne produirait aucune pollution et le coût de maintenance serait recuit. L'investissement initial et le manque d'expérience n'ont pas permis jusqu'alors l'utilisation effective de l'énergie solaire à grande échelle.

De même, l'énergie géothermique est rarement utilisée. Il existe une exploitation de Pleurotus qui emploie ce type d'énergie en Utah (Etats Unis), et une autre en Islande. L'eau chaude est pompée à travers de larges radiateurs équipés de ventilateurs pour chauffer les chambres, ou bien, on utilise la vapeur pour la stérilisation ou la pasteurisation du substrat.

Un grand nombre de pays en développement possèdent des sources d'eau chaude ou des geysers de vapeur. L'utilisation de cette énergie serait bénéfique car elle recuit les coûts de fonctionnement et est beaucoup moins polluante que les sources d'énergie conventionnelles.

Un autre exemple d'énergie alternative est donne par le Dr Martinez Carrera, au Mexique, qui à établi un projet d'entreprise utilisant du biogaz.